A PUC Minas, desde 1995, vem procurando fomentar a investigação científica do fenômeno religioso. Inicialmente, os esforços estiveram voltados para a formação dos profissionais do Ensino Religioso através do Curso lato sensu oferecido em módulos através do PREPES. 

Em 2005 a proposta recebeu um novo formato procurando atender, além dos profissionais do Ensino Religioso, um público mais amplo interessado em pesquisar o fenômeno religioso com ênfase no binômio Religião e Cultura, seja do ponto de vista das questões relacionadas ao Pluralismo religioso, diálogo e sociedade, seja do ponto de vista das questões relacionadas à relação Razão, religião e contemporaneidade. Criou-se, inicialmente, um grupo de pesquisa que abrigou os primeiros trabalhos de investigação que deram sustentação à proposição do Projeto de Mestrado em Ciências da Religião da PUC Minas.

O Programa de Pós-graduação em Ciências da Religião foi reconhecido pela CAPES em julho de 2007, tendo iniciado sua primeira turma em março de 2008. O Mestrado em Ciências da Religião foi reconhecido pela CAPES a partir de 2008 tendo sido recomendado pela Portaria do MEC nº 87, publicada no DOU em 18/01/2008, conforme Parecer CES/CNE 277/2007 de 17/01/2008, p.30-33.

Em 16/12/2015 foi divulgado a aprovação do Doutorado em Ciências da Religião pela CAPES, o curso está avaliado com nota 4.