Os cursos de Mestrado e de Doutorado em Ciências da Religião contam com programas de bolsas de pesquisa com apoio das agências de fomento (CAPES e FAPEMIG) e também bolsas assistenciais da PUC Minas.
O PPGCR recebe ainda como bolsistas pessoas vinculadas a sindicatos e empresas que mantém programas de apoio à formação profissional.
A PUC Minas tem o Programa Parceiros na Pesquisa em que prevê a presença de, ao menos, três estudantes de uma mesma empresa/instituição cursando Mestrado ou Doutorado na Universidade, acordo em que a mensalidade é dividida em três partes: uma para a empresa/instituição, outra para o candidato e a terceira parte a Universidade deixa de receber.