Resultante da confluência do itinerário histórico dos cursos de Filosofia e Teologia na Universidade, a origem do Instituto remonta os anos 1940, década em que foi fundada pelas irmãs dominicanas a Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras Santa Maria. Em 1948, com a criação da Sociedade Mineira de Cultura, a Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras Santa Maria foi incorporada à então Universidade Católica de Minas Gerais.

O Instituto de Filosofia e Teologia Dom João Resende Costa (IFTDJ) recebeu o nome atual em 1997, em homenagem ao segundo arcebispo de Belo Horizonte/MG. Após funcionamento em outros espaços da Universidade foi, em fevereiro de 2010, reinstalado no prédio 4 da PUC Minas no campus Coração Eucarístico.